Apanatschi ist die Tochter des weißen Siedlers Mac Haller und seiner indianischen Frau Mine-Yota. Zu ihrem 21. Geburtstag schenkt ihr Vater ihr eine Goldmine alte Goldmine, die an einem geheimen Ort in den Bergen liegt. Am Abend sind Jeff, Apanatschi Verlobter, und zwei befreundete Pelzjäger zu Gast. Diese beiden entdecken im Haus ein Goldnuggett und stellen Mac Heller zur rede. Sie fordern einen Anteil an der Mine, von deren Existenz jahrzehntelang nur Mac und Winnetou wussten.
Bald weiß auch Curry Bill von dem Gold, der sich mit seiner 80 Mann starken Bande in Rocky.Town eingerichtet hat. Er plant, Apanatschi und ihren kleinen Bruder Happy gefangen zu nehmen. Doch die beiden finden bei Old Shatterhand und dessen Freund Sam Hawkens Unterschlupf. Als den Banditen dennoch gelingt Apanatschi und Happy gefangen zu entführen, nehmen Old Shatterhand und Winnetou den Kampf auf …
Eine Goldader wird offenbart und wenige Filmminuten später sind drei Männer, die eben noch gemeinsam gegessen und getrunken haben tot, erschossen durch die Gier auf Gold. Schnell ist deutlich, warum sowohl die Apachen als auch Mac Haller die Mine über die vielen Jahre geheim gehalten haben.
Der neue Winnetou-Film kommt ohne rivalisierende Indianerstämme und Kriegsgefahr aus. Es gibt eine neue Bande trinkfreudiger, skrupelloser Banditen, es gibt eine freundliche Familie inklusive jungem Liebespaar. Und es gibt die Serienhelden Winnetou und Old Shatterhand mit dessen Sidekick Sam Hawkens, die die freundliche Familie raushaut. 
Dazu lässt Harald Philipp seinen Pyrotechniker Erwin Lange lauter mittelgroße und ganz große Explosionen vorbereiten und legt ein hübsches Westernstädtchen in Schutt und Asche. Das täuscht visuelle Opulenz vor, die zwischen den Detonationen auf viele Kleinbilder mit redenden Männern mit Hut zusammenschnurrt. Götz George als verliebter Pelzjäger Jeff muss ein ums andere Mal nach gestecktem Galopp vom noch nicht stehenden Pferd springen, was beim ersten Mal beeindruckt, beim zweiten Mal imponiert und beim dritten Mal dann albern wirkt. Bei Lex Barker und Pierre Brice werden Abnutzungserscheinungen sichtbar, so stoisch, wie sie ihre Hauptrollen runterspielen. Die beiden haben seit Winnetou, 1. Teil (1963) keine Entwicklung gemacht. Sie erinnern mehr an Serienhelden aus dem Fernsehen.
Jede Woche ein neuer Schurke in schwarzen Klamotten, der gierig auf anderer Leute Öl oder Gold ist. Jede Woche eine neue Familie, die in Gefahr ist. Jede Woche kämpft das dynamische Duo die Schurken nieder. Die Winnetou-Filme sind ordentliche Abenteuerfilme, die edle Menschen in schönen Landschaften zeigen, und stehen in der Tradition der Abenteuerserien aus Hollywoods 30er Jahren, in der Serienhelden wie Flash Gordon, Buck Rogers oder The Lone Ranger die Probleme lösten und/oder die Welt retteten. Nur verzichten die Karl-May-Verfilmungen auf den dort üblichen Cliffhanger und setzen ausschließlich auf die Sympathiewerte ihrer Titelfigur.
Mit Karl May hat die Geschichte nur den Namen der Hauptfiguren gemein. Der Film sollte ursprünglich den Roman "Halbblut" zum Inhalt haben, wurde dann aber völlig umgeschrieben.
Als Regisseur war Paul May vorgesehen, da Harald Reinl mit Artur Brauners "Nibelungen" ausgelastet war und Alfred Vohrer mit Old Surehand, 1. Teil die Erwartungen nicht voll erfüllt hatte. Nach einer Woche wurde May wegen seines ungeeigneten Inszenierungsstils von Horst Wendlandt entlassen und durch Harald Philipp ersetzt. Dabei wurde beschlossen, dass sämtliche Szenen neu gedreht werden sollten.
Der Film ist die erste Hauptrolle für Jungstar Uschi Glas als Apanatschi, die im Vorspann noch als Ursula Glas angekündigt wird. Erst seit ihrem Nachfolgefilm "Der Mönch mit der Peitsche" verwendete sie die Koseform "Uschi" als Künstlernamen. In ihrer Kindheit war sie oft als „Negerlein“ bezeichnet worden, nun verhalf ihr die dunkle Hautfarbe zu ihrer Rolle als Halbblut. Allerdings ist ihre eigene Stimme im Film nicht zu hören. Angeblich wäre sie als Halb-Indianerin mit bairischem Akzent nicht glaubwürdig gewesen und wurde deshalb von Marion Hartmann nachsynchronisiert. Im Juni 2016 stellte Uschi Glas in der Rundfunksendung "Die blaue Couch" auf Bayern 1 richtig, dies sei nur ein Gerücht; sie sei einfach mitsynchronisiert worden, da man sich so ihre Anreisekosten ins Studio gespart habe.
Der Film war ursprünglich nur ab 12 Jahren freigegeben. Direkt nach der Uraufführung wurde er um 9 Minuten gekürzt, um die Freigabe ab 6 Jahren zu erreichen. Danach wurde von der Constantin-Film nur diese Version an die Kinos verliehen. Im Fernsehen wurde jedoch später die ursprüngliche Langfassung ausgestrahlt.
"Winnetou und das Halbblut Apanatschi" war der zweite Karl-May-Film der Rialto, der keine Goldene Leinwand mehr erhielt.
Karl-May-Verfilmungen im Kino
Erste Verfilmungen von Karl-May-Romanen erschienen bereits in den 1920er-Jahren als schwarz-weiße Stummfilme. Der erste Tonfilm war der Schwarzweißfilm Durch die Wüste von 1936, und der erste Farbfilm war 1958 Die Sklavenkarawane.
1962 begann der deutsche Filmproduzent Horst Wendlandt von der Rialto Film unter der Regie von Harald Reinl die Produktion des populärsten Romans der grünen Karl-May-Bände filmisch umzusetzen: Der Schatz im Silbersee. Die Filmmusik des deutschen Komponisten Martin Böttcher für diesen Film wurde prägend für die weiteren Karl-May-Verfilmungen. Er komponierte zu insgesamt 10 Karl-May-Filmen die Musik.
- Auf den Trümmern des Paradieses (Josef Stein, 1920) Stummfilm
- Die Todeskarawane (Josef Stein, 1920) Stummfilm
- Die Teufelsanbeter (Ertugrul Moussin-Bey, 1920) Stummfilm
- Durch die Wüste (Johannes Alexander Hübler-Kahla, 1936)
- Die Sklavenkarawane (Georg Marischka / Ramón Torrado, 1958)
- Der Löwe von Babylon (Johannes Kai / Ramón Torrado, 1959)
- Der Schatz im Silbersee (Harald Reinl, 1962)
- Winnetou, 1. Teil (Harald Reinl, 1963)
- Old Shatterhand (Hugo Fregonese, 1964)
- Der Schut (Robert Siodmak, 1964)
- Winnetou, 2. Teil (Harald Reinl, 1964)
- Unter Geiern (Alfred Vohrer, 1964)
- Der Schatz der Azteken (Robert Siodmak, 1965)
- Die Pyramide des Sonnengottes (Robert Siodmak, 1965)
- Der Ölprinz (Harald Philipp, 1965)
- Durchs wilde Kurdistan (Franz Josef Gottlieb, 1965)
- Winnetou, 3. Teil (1965)
- Old Surehand 1. Teil (Alfred Vohrer, 1965)
- Im Reiche des silbernen Löwen (Franz Josef Gottlieb, 1965)
- Das Vermächtnis des Inka (Georg Marischka, 1966)
- Winnetou und das Halbblut Apanatschi (Harald Philipp, 1966)
- Winnetou und sein Freund Old Firehand (Alfred Vohrer, 1966)
- Winnetou und Shatterhand im Tal der Toten (Harald Reinl, 1968)
- Die Spur führt zum Silbersee (Günter Rätz, 1990) Puppenfilm
- Winnetou (Csaba Bollok, 1995)
- WinneToons – Die Legende vom Schatz im Silbersee (Gert Ludewig, 2009) Zeichentrick