Die junge Medizinstudentin Paula Henning hat nur einen Traum; und für dessen Verwirklichung stellt sie alles andere hinten an: Sie will eine erfolgreiche, einflussreiche Fachmedizinerin werden. Wie ihr über alles geliebter Großvater, der altersschwach und schwerkrank im Krankenhaus liegt, Paula aber ermutigt und antreibt, so gut er nur kann. Und auf keinen Fall wie ihr Vater, der zwar auch praktizierender Arzt ist, sich aber mit seiner kleinen Nachbarschaftspraxis zufriedengibt und sich nach Ansicht der ehrgeizigen Tochter weit unter Wert verkauft.
Die Weichen für ein exzellentes Studium sind gestellt. Von ihrem Münchner Professor erfährt Paula, dass sie es als Zweitbeste ihres Jahrgangs geschafft hat, während der Sommermonate zu dem Anatomie-Forschungslehrgang des legendären Professor Grombek in Heidelberg eingeladen zu werden. Paula ist überglücklich – wie ihr Großvater. Doch ihr Vater reagiert reserviert. Paula kann ihre Aufregung kaum verbergen, als sie im Zug Richtung Heidelberg fährt, und fühlt sich von der Konversation mit der selbstbewussten, aber auch etwas einfältig erscheinenden Blondine Gretchen irritiert – speziell, als Paula erfährt, dass auch Gretchen am Anatomiekurs von Professor Grombek teilnimmt.
Als im Wagon Unruhe ausbricht, weil der junge David einfach umgekippt ist, leistet Paula kompetent Erste Hilfe – offensichtlich ein Infarkt. Erstaunt lassen sich Paula und Gretchen von David nach gelungener Wiederbelebung unterrichten, dass ihm diese Anfälle häufig widerfahren: Er habe einen Herzfehler, und damit müsse er leben. Die Begrüßung der Kommilitonen in Heidelberg ist herzlich: Unübersehbar bekundet der attraktive Sunnyboy Phil sein Interesse vor allem an den Formen von Gretchen. Die ist geschmeichelt, findet allerdings mehr Gefallen an dem perfekt gebauten, aber eher schüchternen Hein.
Am Abend in der Studentenkneipe kommt man sich näher. Paula fällt vor allem der lakonische, intelligente Caspar auf, der ganz anders ist als die anderen Studenten. Und doch wahrt sie Abstand: Sie ist in Heidelberg, um zu studieren. Auch David, der Junge mit dem Herzfehler, ist in der Kneipe. Er ist völlig wehrlos, als er auf der Toilette von zwei Typen angegriffen und betäubt wird. David wacht kurze Zeit später im Anatomiesaal wieder auf. Schnell erkennt er, dass er sich in Lebensgefahr befindet. Obwohl seine Muskeln nicht so recht mitspielen wollen, gelingt es ihm, ein Skalpell zu greifen und eine der beiden vermummten Gestalten zu verletzen.
Der Fluchtversuch scheitert jedoch schnell. Nach kurzem Kampf wird David niedergestochen und seine Leiche im Kühlraum verstaut. Paula ist völlig geschockt, als sie nach einer beeindruckenden Einführungsrede von Professor Grombek in der Unterrichtsstunde ausgerechnet Davids Leiche vorgesetzt bekommt. Grombek fordert Paula auch noch auf, das Herz herauszunehmen. Aber sie beweist Nerven und lässt sich ihre Erregung nicht anmerken. Angetrieben von ihrem medizinischen Ehrgeiz, macht sich Paula daran, dem rätselhaften Tod Davids auf den Grund zu gehen – obwohl Professor Grombek ihr ausdrücklich weitere Nachforschungen untersagt. Bei ihrem heimlichen Befund stellt sie fest, dass Davids Blut auf unnatürliche Weise verklumpt ist. Mutig sichert sie sich ein Stück Gewebe, um Näheres über Davids Tod in Erfahrung zu bringen.
Bei ihren hartnäckigen Nachforschungen erfährt Paula von den Antihippokraten, einem verbotener Geheimbund von Medizinern …
Ein ordentlicher Thriller aus deutscher Küche, bei dem Freund und Feind bald klar sind, es aber den einen gibt, bei dem man nie so recht weiß … kurz: gerne gesehen. Die Besetzung fährt auf, was man so sehen will, wenn man sich einen deutschen Film im Kino angucken will. Franke Potente („Schlaraffenland” – 1999; Bin ich schön? – 1998; Lola rennt – 1998; „Nach Fünf im Urwald – 1995) perfektioniert ihr unterkühltes Spiel und Benno Fürmann („'ne günstige Gelegenheit – 1999; St. Pauli Nacht – 1999; „Der Eisbär” – 1998) hat seinen Stahlblick immer noch drauf.
Der österreichische Regisseur Stefan Ruzowitzky nutzte die Gunst des Moments und drehte einen Film nach bewährtem Schema: Ob Halloween oder „Freitag, der 13.” oder auch Scream – der Horror-unter-Studenten-Thriller war im ausgehenden 20. Jahrhundert en vogue. Mit über zwei Millionen Besuchern in Deutschland feierte Ruzowitzky seinen größten kommerziellen Erfolg. Anatomie ist damit auch der erfolgreichste deutsche Film des Jahres 2000.